اتاق های عمل بیمارستان مرکزی شامل 14 اتاق بوده پیچیده ترین عمل ها تخصصی و فوق تخصصی در آن ها انجام می شود اعمال جراحی شکم، تیروئید، کبد، معده، پانکراس، اعمال جراحی سرطان جراحی چاقو و اعمال جراحی متابولیک، جراحی قلب عروق کرونر و دریچه های قلبی، جراحی عمومی، ارتوپدی، جراحی های مغز و اعصاب و عمل های گوش حلق بینی، گردن، فک و صورت یورولوژی زنان و زایمان می باشد. دو اتاق عمل در قسمت دندان پزشکی طبقه نهم فعال بوده یک اتاق عمل نیز در بخش اورژانس قرار دارد ضمنا یک اتاق از اتاق های عمل پیوسته مختص انجام اعمال جراحی اورژانس می باشد.